『萊莎的鍊金工房２』的故事結束約一年之後。生活在庫肯島的萊莎等人，突然得知近海出現了不明群島。這些被稱為“柯克群島”的島嶼，對萊莎等人居住的庫肯島產生了負面影響。為了拯救庫肯島，萊莎一行人迅速前往調查——

調查柯克群島的過程中，他們到達了謎之遺跡。遺跡深處，萊莎等人見到一扇巨大的謎樣門扉。為了進一步調查而靠近那扇門，萊莎的腦海中突然聽到了引導她接近「萬象大典」的謎之聲音。這扇門後究竟有些什麼，「萬象大典」又是什麼意思——為了尋找拯救庫肯島的方法，萊莎等人踏上了關於「鑰匙」與「鍊金術根源」的宏大冒險之旅。